由于扇贝育苗中每个技术人员都有自己的一套技术方案，在此我们不做统一标准，只提供微生态制剂在扇贝育苗中种贝蓄养阶段的几个实际有效方案，希望能对扇贝育苗工作人员有所帮助，为扇贝育苗工作的成功打下基础。
1、水质处理：“水、种、饵、密、混、轮、防、管”是水产养殖八字方针。海水贝类养殖中，水质是工厂化人工育苗和养殖的关键。水质不佳或处理不当均可导致育苗和养殖的失败。当前常用海水处理的方法有物理、化学和生物三种。微生态制剂就属于生物处理。
1)初滤池、沙滤池等沙滤系统中每3-5天使用一次“利生素”(主要成分为嗜冷型芽孢杆菌)。因为沙滤系统中，滤床砂层表面有有机物堆积，有益微生物可以分解有机物完成自我繁殖，使整个滤床变为微生物过滤器，在沙粒等有空隙的滤料之间形成生物膜，借助微生物作用以减少水体中氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质的含量。
2)沉淀池中泼洒“绿水解毒安”代替传统EDTA，既能降解水中重金属离子又能缓解海水中藻毒素对贝类的影响。
2、补充营养：暂养池内配合使用多种有益菌(“海洋红酵母”、“益菌苗康”、“强效EM”、“光合细菌”、“乳酸芽孢M3”等)。有益菌的营养价值很高，能有效为种贝的性腺发育提供营养，提高种贝的自身免疫力，降低种贝的死亡率。例如光合细菌中粗蛋白含量达65.45%,粗脂肪7.18%，含有丰富的叶酸、多种活性维生素、泛醌、类胡萝卜素和氨基酸等，酵母菌细胞壁中含有最具生理活性的免疫多糖β-葡聚糖，海洋红酵母中富含虾青素等。
3、预防肠道疾病：有益微生物繁殖起来占据优势后能有效抑制有害微生物的繁殖，配合“菌克27”(主要成分噬菌体，高效寄生裂解多种G-致病菌，无毒副作用，无耐药性和药物残留)更能有效预防和避免种贝蓄养中的空肠细肠现象。
4、提高抗应激能力：一般情况下，水温升至16℃后开始出现早排现象，尤其是相对体弱的种贝更易早排，可在每次倒池前1-2小时泼洒“低聚糖863”+“解毒抗应激灵”各2-5ppm，再配合合理倒池操作，能极大避免和延后早排现象，为后期整体排放精卵做好准备。