在小龙虾疾病防治或水质改良过程中，为避免药害事故发生，选择药物时应严禁使用有机磷类（如敌百虫、辛硫磷等）、菊酯类（如氯氰菊酯、氰戊菊酯等）杀虫剂，在小龙虾的繁殖期间禁止使用阿维菌素、伊维菌素等杀螨剂，以防对受精卵孵化产生不良影响；同时尽量避免使用小龙虾耐受力低的药物如溴氯海因等。常用的小龙虾疾病防治药物如下表：
类别
产品名
主要用途
杀虫剂
硫酸锌粉
防治小龙虾固着类纤毛虫病
杀菌剂
精品一元笑
防治小龙虾病毒性、细菌性及真菌性疾病
聚维酮碘溶液
顶典
鳜鱼康
苯扎溴铵溶液
防治小龙虾细菌性疾病如黑鳃、烂鳃、甲壳溃疡等
浓戊二醛溶液
水质改良剂
水立爽
降低养殖水体化学耗氧量，增加水体溶氧，降解氨态氮、亚硝态氮，促进养殖水体氮循环，改良水质与底质。
底立爽
中博高
中博金珠
氨净
降解养殖水体氨态氮，改良水质
藻神
培草、解毒
活力66
分解养殖水体有机污物，促进养殖水体氮循环
双效粒粒底改素
葡聚糖包膜维C
提高小龙虾抗应激力
口服制剂
服尔康
口服治疗小龙虾细菌性疾病
恩诺沙星粉
盐酸多西环素
肝胆利康散
保肝护肝，防治小龙虾肝损伤
艾能
提高小龙虾免疫、抗病力，促进小龙虾生长
酶合电解多维
平衡与补充小龙虾必需维生素，提高小龙虾抗应激力