任何一种新药新方法的诞生，让人们在获益的同时也伴随着一定的风险，抗生素添加剂的应用也如此。自其开始应用于饲料添加剂，其安全眭问题始终是人们关注的焦点。许多国家陆续推出一些法律法规规范抗生素添加剂的使用，欧盟等甚至禁止在畜禽饲料中添加抗生素。
滥用抗生素形势严峻
半个多世纪来，抗生素给养殖业创造了巨大的经济效益。抗生素一直作为饲料促生长添加剂被广泛应用，然而由于抗生素在畜禽饲料中的广泛应用尤其是超标使用，引起各种病原微生物产生抗药性，以及动物的二重感染，严重影响畜禽健康状况;还被怀疑会引起畜禽产品中药物残留，不仅影响畜禽产品的质量及其安全性，还会导致人类体内病原微生物对抗生素产生耐药性，进而直接威胁人类健康。近二三十年来，抗药菌株的比率不断增加，人类医治细菌传染性疾病的难度越来越大，所需抗生素的有效使用剂量节节攀升，人们开始相信是动物产品药物残留引起，因而对饲用抗生素的反对意见日趋强烈。
中国是抗生素使用大国，也是抗生素生产大国。人均年消费量138克左右(美国仅13克)。我国抗生素一半用于临床，一半用于畜牧养殖业。专家推算，中国每年生产的大约21万吨抗生素原料中有9.7万吨用于畜牧养殖业，占年总产量的46.1%。世界上没有哪个国家如此大规模地使用抗生素，欧美等发达国家对抗生素的监管非常严格和到位，购买抗生素需要专业医生开具的处方。这些情况表明中国成为了世界上滥用抗生素问题最严重的国家之一。全行业在追求最大经济利益的驱动之下惘顾社会责任和食品安全，在饲料中随意添加或超量添加抗生素，可以说从动物出生到屠宰上市整个生产周期中无时无刻不存在抗生素的滥用。抗生素的滥用造成了严重的公共卫生问题。
1、细菌抗药性越来越普遍，越来越严重
畜牧业中，大肠杆菌、葡萄球菌、沙门氏菌等过去并不严重或较少发生的细菌病，现已上升为家禽的主要传染病之一，这与长期滥用抗生素有直接关系。从1990年至2011年先后有数十位学者对中国的猪源大肠杆菌和禽源大肠杆菌进行耐药性测定，结果显示：大肠杆菌的耐药性越来越强，近几年来95%的抗生素已经失去敏感性，菌株平均携带的耐药基因多达17种。抗生素应用越严重的地区，细菌的耐药性就越强，在这些抗生素污染严重的地区寻找敏感药物变得越来越困难。一旦爆发耐药性细菌病，就会造成严重的经济损失。开发一种新的抗生素一般需要10年左右的时间，而一代耐药菌的产生只要很短的时间。显然，抗生素的研制速度远远赶不上耐药菌的繁殖速度，用抗菌素治病救人的美景将会消失。
虽然耐药性因子的传递频率只有10-6，但由于细菌数量大、繁殖快，在这一频率下，仍造成抗药菌株的扩散、蔓延，而且可以使一种细胞产生多种耐药性。抗生素滥用导致耐药菌株增加，而抗生素饲料添加剂长期、大量不合理使用是其中一条主要原因。由此可见，抗生素对畜禽肠道微生物的污染和人类对自然环境的破坏同样可怕，需要相当长的修复时间。更可怕的是自然界的破坏极易引起人们的关注，而滥用抗生素对畜禽肠道微生态系统的破坏却长期被人们所忽视。
2010年8月初以来,印度、巴基斯坦、加拿大、比利时、英国和日本等国家先后报道出现了超级细菌 (NDM-1)感染者,全球至少有170人被感染,并造成多起病人死亡事故。2010年10月26日中国疾病预防控制中心通报三起感染超级耐药致病细菌病例，其中死亡1例。2011年在中国杭州，研究超级细菌的专家在重症监护室的病人身上也发现了金黄葡萄球菌的“超级细菌”MRSA细菌。大量耐药菌的出现对医疗及社会造成的危害巨大，可能会造成抗感染治疗的失败，住院时间的延长，甚至患者的死亡。上世纪60年代，全世界每年死于感染性疾病的人数约为700 万，而这一数字到了本世纪初上升到2000万。死于败血症的人数上升了89%，大部分人死于超级病菌带来的用药困难。
2、长期使用抗生素造成畜禽机体的免疫力下降
饲用抗生素的作用机理之一就是通过抑制动物的免疫反应达到促生长的目的。Naqi(1984)和 Cook(1984)研究发现，饲用抗生素可降低鸡消化道淋巴组织(包括法氏囊、盲肠扁桃体、肠道固有膜)中产免疫球蛋白的细胞的生成和分布密度，显著降低血清IgM浓度。Rijkers等(1980，1981)发现饲喂土霉素可引起鲤鱼体液免疫抑制，降低血清中免疫球蛋白含量，并使脾脏、前胃和后胃内噬斑形成细胞的形成率降低80%。Voiculesu等(1983a，1983b)的研究表明，红霉素、粘杆菌素可显著抑制机体的体液和细胞免疫。
大量抗生素在其被摄入机体后，会随血液循环分布到淋巴结、肾、肝等各组织器官，动物机体的免疫能力就会被削弱。抗生素还会导致抗原质量下降，直接影响免疫过程，从而对疫苗的接种产生不良影响。磺胺类药物在动物幼体期使用会抑制骨髓的造血功能，引起粒细胞减少、溶血性贫血、再生障碍性贫血等情况发生。氯霉素作用于胸腺，可使其皮质、髓质界限失常;作用于脾脏，可使其滤泡消失、白髓结构松散;作用于盲肠扁桃体，可使其淋巴组织减少，还可损伤肝组织和肾组织，破坏骨髓造血功能，全面破坏免疫应答，使动物抵抗力、免疫力严重下降。
3、长期用抗生素可引起畜禽内源性感染和二重感染
抗生素虽有自己的抗菌谱，但它作用于病原菌的同时也会影响体内有益菌群生长，特别是长期大量使用，使机体内菌群失调，微生态平衡破坏，潜伏在体内的有害菌趁机大量繁殖，从而引起内源感染。二重感染也是由于施用大量抗生素杀灭某种细菌时，破坏微生态平衡，另外一种或多种内源或外源病菌随即再次感染机体造成的(薛恒平，1998)。
4、长期使用抗生素会在畜产品和环境中造成残留
药物残留是饲料中添加抗生素争议之一。 随意添加或超量添加饲用抗生素，会使肉、蛋和奶等农畜产品中蓄积抗生素,通过食物链进入人体内，使人们天天间接接触抗生素，导致人体患病时用抗生素治疗的效果消失。此外药物都有副作用，没有一种抗菌药物绝对安全，仅程度不同而已。如磺胺类药物易使人产生过敏和变态反应;氯霉素引起再生性、障碍性和溶血性贫血，血小板减少和肝损伤;四环素类有光敏性和胃肠道反应;喹乙醇是基因诱变剂;呋喃唑酮诱发动物癌变等。虽然某些药物已禁用，但有些仍在使用。
抗生素被吸收到体内后，分布于全身。抗生素在体内器官中以肝脏分布较多，而在肌肉和脂肪中分布较少。抗生素的代谢途径多种多样，但大多以肝脏代谢为主。一些性质稳定的抗生素被排泄到环境中仍能稳定地存在一段时间，从而造成环境中的药物残留，这些残存的药物，通过畜产品和环境慢慢蓄积于人体和其它植物体中，最终以各种途径汇集于人体，导致人体产生大量耐药菌株，失去对某些疾病的抵抗力，或因大量蓄积而对机体产生毒害作用。
搜牧小编提示抗生素还有致基因突变、引发畸形和诱发癌症等毒副作用。据《北京日报》报道，我国7岁以下儿童因为不合理使用抗生素造成耳聋的数量多达30万，占总体聋哑儿童的30%-40%，而一些发达国家只有0.9%。在住院的感染病患者中，耐药菌感染的病死率为11.7%，普通感染的病死率只有5.4%。