孵化过程中会因各种因素导致种蛋无法在孵化小鸡而不能使用，因此会产生很多孵化废物，一般孵化废弃物主包括：孵化废弃物包括无精蛋、死胚、空壳、残次鸡和异性个体等。这些孵化废物湿度高容易腐败，应该及时处理。不同废弃物的处理方法不同具体如下：
无精蛋主要用于食用，毛蛋也可食用，但应注意卫生，避免腐败物质及细菌造成的中毒。
蛋壳可以使用磷酸进行处理，获得磷酸钙用作为饲料中的钙源。
毛蛋一般是经高温消毒、干燥处理后，制成粉状饲料利用。由于孵化废弃物中含有大量蛋壳，故其钙含量非常高，因而在利用孵化废弃物时应注意。一般孵化废弃物加工料在生长鸡日粮中可占到6%，蛋鸡日粮中可占到10%。