孵化厅的卫生消毒管理的好坏直接影响到孵化率、健雏率和雏鸡成活率的高低。严格而科学的卫生消毒管理措施是提高孵化成绩的重要措施之一，也是孵化厅能够长期稳定地提供健雏、不断发展的前提。根据多年来的实践经验，主要做好以下七方面的工作，仅供参考。
1选择好场址集中孵化
选择场址除了考虑水、电、能源及交通等因素外，还应考虑远离污染区，如养殖场、化工厂等，防止空气、水等的污染。把各场的种蛋集中起来统一孵化，避免一个种鸡场内建一个孵化场，只是为了运输方便而忽略了种鸡场的死鸡、粪便及废弃物而造成的环境污染。环境污染对孵化造成的危害特别大，因此要选择好场址集中孵化。
2做好环境的卫生消毒工作
2.1孵化厅的外部环境：每天搞好孵化厅周围的卫生，每周二、五对外围环境消毒2次，在进大门口设消毒池、消毒间、消毒泵，对进场的车辆、物品及人员进行消毒，防止外来病原及孵化废弃物污染环境
2.2孵化厅的内部环境：在进厅门口设消毒池、消毒间，对进厅的车辆、物品进行消毒，每道工序工作结束后立即做好卫生并进行场地消毒，孵化厅内每周二、五彻底做好卫生(包括办公室、餐厅、物品库、浴室、厕所等)并消毒。进入孵化厅的空气应该是干净新鲜的，因为它对孵化厅内的环境卫生的好坏起着重要的作用。所以设计通风系统要科学合理，一般采用负压通风，通风压力由大到小的顺序是：种蛋室一码蛋室一孵化室～照蛋室一出雏室、存雏室斗洗涤室，最好各室都设有进风口、出风口，特别是出雏室的排风口设计一定要合理，避免出雏室排出的空气进入种蛋室、孵化室。进出风口最好安装过滤设施并定期清理和消毒，保证进入的空气干净新鲜。
3做好种蛋的卫生消毒工作
首先要选择健康无病的种鸡群且没有受到任何污染的种蛋，种蛋从鸡舍收集后进行筛选，剔除粪蛋、脏蛋及不合格蛋后将种蛋放人干净消过毒的镂空蛋托上立即消毒，一般用每立方米用福尔马林28ml+14g高锰酸钾熏蒸20分钟，消毒缸内的残留液一定清理干净，消毒时的温度、湿度一定要合理，以保证消毒效果。种蛋入库和入孵时也用此方法消毒，种蛋运输工具也要保证干净并定期消毒。要特别注意的是种蛋“出汗”后不要立即消毒，要等种蛋干燥后再用此方法消毒。另外，入孵24-96小时的种蛋不能用上述方法消毒。
4做好胚蛋的卫生消毒工作
在孵化过程中照蛋、落盘前工作人员用消毒液洗手，操作完后胚蛋要立即消毒，方法同上。在出雏5%左右时在出雏车水盘里加一次过氧乙酸进行消毒，或大部分出雏但绒毛未干时每立方米用福尔马林14ml+7g高锰酸钾熏蒸3分钟，注意千万不能超过3分钟，否则对雏鸡有害。
5做好孵化设备及用具的卫生消毒工作
孵化种蛋所有接触的设备、用具都要搞好卫生消毒，蛋托、码蛋盘、出雏筐、存雏筐用后高压泵清水冲洗干净再放入2%的火碱(氢氧化钠)水中浸泡30分钟，然后用清水冲净。种蛋车、操作台及用具用后也要清理消毒，照蛋落盘后对臭蛋桶要清理消毒，地面火碱墩地。注射器使用后清理干净并高压消毒或开水煮半小时，针头每注射1 000羽换一个。孵化机及蛋架用后高压泵清水冲洗干净，用消毒液擦拭，再用清水冲净，最后把干净的码蛋盘、出雏筐放入孵化机内每立方米用福尔马林 42ml+21g高锰酸钾熏蒸30分钟。出雏机及出雏室是雏鸡的产房，需要的卫生消毒特别严格，而此地又是绒毛多最难清理的地方，所以一定要严格认真仔细地清理每个角落，不能有死角。发完鸡后存雏室一定要冲洗干净，包括房顶、四壁、窗户、水暖管道等，再把干净卫生的存雏筐放入室内，每立方米用福尔马林 42ml+21g高锰酸钾熏蒸30分钟，或10%福尔马林喷雾消毒，避免交叉感染。
6做好人员及工作服的卫生消毒工作
孵化厅的工作人员进人孵化厅时首先淋浴，再穿戴工作服、鞋、帽，脚踏火碱池后进入工作区。工作服要编号，避免各工序混穿。并且派专人管理，每天清洗消毒。码蛋、照蛋、落盘、注射、鉴别人员工作前及工作中用药液洗手。
7做好卫生消毒的监测工作
孵化厅的卫生消毒结果要派专人检查，通过肉眼看各标准是否达标。再通过采样做细菌培养，来检测消毒效果。即用琼脂平板检测孵化器内、出雏器内及环境空气在消毒前后的细菌生长情况，种蛋表面消毒前后也做细菌培养，一周测一次。如果不能达标，说明消毒效果不佳，要引起注意，追查原因，及时解决，以达到卫生消毒标准。