在饲养肉种公鸡过程中，总会有一些体弱或者日龄较大的肉种鸡，这类种公鸡不能用于交配，在发现时必须淘汰或者调换，否则回影响种母鸡的受精率。
1、淘汰不良公鸡
如果种公鸡数量较多，可及时淘汰掉不能使用的公鸡，笼养种鸡时可通过显微镜下检测，将无精子或精子活力较低的公鸡挑出去淘汰，平养种鸡时可将公鸡分成A、B、C三个群体，A群体中的公鸡羽毛光亮，体重偏大，好争斗，在鸡群中处于优势地位，它保护着母鸡但并不会与母鸡交配，而其它的公鸡也不敢碰它的母鸡;B群体中的公鸡体重适中，鸡冠红润而直立，两眼明亮有神，羽毛光亮，行动敏捷，腿长有力，腹部无多余脂肪，不好争斗。它们的体重一般比母鸡重30%左右，体型上与母鸡相配，并与母鸡互相倾慕，所以受精率较高;C群体总的公鸡羽毛脏乱不齐，体重偏小，鸡冠萎缩，腿脚肿胀等，它虽然占有母鸡但不能交配。由此可见，为了提高种蛋的受精率，及时淘汰A、C群体公鸡，而选留优良的B群体公鸡。
2、调换公鸡
在实践生产中，肉种鸡产蛋后期往往供给数量不太充足，这样就需要用新公鸡来替换或补充，对要调换的公鸡除满足上述B群体公鸡所具备的条件外，还应达到同品种健康无病，周龄最好在30-35周的要求。调换的的方法是：当天下午先将上述A、C群体的不良公鸡挑出淘汰，一般占原公鸡的40-50%，当天晚上待鸡群安静后，将要调换的公鸡均匀，分散在整栋鸡舍内，一般调换的公鸡也占原公鸡的40-50%，以保证调换后的公鸡仍占母鸡数的8-11%，这样不仅可以避免公鸡争斗，还可以最大限度地提高种蛋受精率更换公鸡后还应及时观察鸡群，挑出好斗的公鸡。同时更换公鸡易带入新的细菌、病毒，所以在替换之前要对新公鸡进行严格检疫和隔离观察，确保健康后方可转人。
此外，如果没有达到要求的富余公鸡，也可采用栋和栋之间对半调换，使公鸡冲动，也能提高受精率。进行调换的两栋鸡舍应是同品种健康无病的鸡群，周龄也应最好相差不大。