大家都知道鳝鱼养殖最大的成本在于苗种，苗种可以占到整个养殖成本的60%--70%，所以如果条件不好，那就宁愿不进苗，进苗损失大就划不来了。
经常听人说，“晚上睡觉不盖棉絮被子的时候就可以进苗了”，一般鳝鱼进苗的时间在6--7月。刚刚经过运输的鳝鱼体质本就不算好，应激性很大，这样的鳝鱼运输回来放到池塘里，很可能会出现应激性上草，引起死亡，造成损失。所以放苗一定要选择连续3~5个晴朗、无北风的天气。
品系选择：
首先要对苗种品系做出选择，什么品种的鳝鱼长的快，发病情况少，就选这个品种。鳝鱼的品系主要是下面4种：
（1）、鳝鱼体色为黄色大斑点的鳝鱼生长最快，增重比可达1：（5~6），这当然是我们的首选；
（2）、鳝鱼体色为黄色小斑点的鳝鱼生长也较快，比黄色大斑点的生长较慢，增重比可达1：（3~4），这也是可以选择的；
（3）、鳝鱼体色为灰色和青色斑点细密的鳝鱼生长慢，增重比可达1:（1~2），这两种鳝鱼就不适合用来养殖了。
健康个体选择：
目前我国鳝鱼苗种主要以野生苗种为主，野生苗种的捕捞以笼捕为好，电捕或钩捕的苗种因体内有伤，受强刺激，下箱后成活率极低，生长也极其缓慢，故一定要挑选无病无伤的、个体整齐、体色光鲜、活力强的好鳝苗。主要从这两个方面讲述，外观方面和其他的辅助方法来选择。
外观选择
a、伤鳝不要：体表的伤很容易看出来，如破皮、出血、充血、身上有水蛭等寄生虫；钩捕和电捕的体内有伤的，受强刺激，下箱后成活率极低，生长也极其缓慢，钩捕的口腔内会有明显的钩痕，电捕的身体比较僵硬；还有挤压受伤的，这些一旦发现都不能要。
b、病鳝不要：主要表现为头大、颈细、体弱病情严重的身体蜷曲；有的体表局部发白，甚至有棉絮状的东西即水霉病，有的眼睛灰白色，有的体表粘液少，有的体表有明显的红色凹斑；有的肌肉腐烂，有的肛门红肿，轻轻从腹部上面往肛门挤压，有脓液流出。
c、药鳝不要：没有活力，用手一次可以抓好几条，另外他们的腹部有小红点，时间越长越明显。
辅助方法选择
a、最好不要买到陈苗，最好选择当天捕捉的鳝种；当然有的时间段会有很多的陈苗，因天气等原因又需要进苗，对于暂养时间长，又没有暂养设备和措施的不能要。
b、将鳝种放入盛水的瓷盆中，选择蛇形游动而且活力好的，体色一致，无灰白色花斑，腹部橙黄，背部黑绿；体格健壮，无病无伤者。
c、将鳝种放入深水容器中，腹部朝上浮在水面的与拼命浮头的不能要。
d、将鳝种浸泡在3%的盐水中，活动激烈的拣出，体表无伤的可以留用，飞窜不跳者留用；行动迟缓，甚至腹部朝上的淘汰。
运输：
a、鳝种可用竹篓、竹筐、铁框等工具运输，长途运输也可以用活鱼车运输。
b、长途运输时可以放一些泥鳅和水草，泥鳅的好动可以搅动水体，防止鳝种相互缠绕，水草也是防止鳝种相互缠绕。鳝鱼互相之间缠绕太紧就会引起发热反应，也会因为相互之间角力，引起肌肉拉伤或内脏伤害，造成鳝种伤害。
c、因为鳝鱼在运输过程中会分泌大量的粘液，对其有很好的防护作用，对菌有一定的抑制作用，所以建议在运输时使用抗应激的药泡苗，增强体质，增加粘液的分泌。
鳝鱼养殖苗种至关重要，品系的选择、健康个体的选择和苗种的运输都是进苗时的关键事项，应做好相关事宜。