羊近亲交配易造成“两降一高”的弊病，即：羊生产性能下降，品种退化，生长发育迟缓，产肉产毛量降低50％左右；繁殖率下降，近亲交配造成怪胎、流产、化胎、死胎不断出现；羊抗病力差、死亡率高。预防措施主要有3条：
调换种公羊
在一个羊群中的种公羊连续使用两年，然后与其他羊群中同一品种的种公羊进行调换，降低近亲交配次数。
种公羊单独饲养
配种季节，根据血缘关系，选择血缘关系远的种公羊，进行人工辅助配种或人工授精。采用这种方法不仅可避免近亲繁殖，而且可以控制母羊产羔时间，延长种公羊利用年限。
建立登记档案
在羊群数量大的乡、村，应建立羊人工授精站并建立档案制度，包括种公母羊卡片、母羊繁殖登记表、羔羊登记表及后代测定记录表等。有了这一档案，血缘关系就清楚了，就可以有计划地选种选配，避免近亲繁殖。