从蜂群中抽出的巢脾，如果保存不好，常常会发霉，受巢虫咬蛀。保管不当还会引起盗蜂和鼠害等。巢脾从蜂群中撤出后，应及时对染病巢脾予以消毒或淘汰化蜡，其余巢脾按蜜脾、粉脾、空脾分类装箱，保存于清洁、干燥、密闭性较好的仓库雄蜂蛹菜谱中。特别在存放前，要对巢虫进行严格防治，防治方法有：二氧化硫熏杀和二硫化碳熏蒸，以及冰醋酸熏蒸法。
二氧化硫熏杀法是用一带窗口的空巢箱作底，上面放5～6层继箱，巢箱中放上一块瓦片。第1层继箱只放6张巢脾，中间留空，为硫磺安全燃烧空间。上面继箱各放8～9张巢脾，箱体间用纸糊严。按每个继箱3～5克硫磺粉量放入瓦片，并加入数块燃烧的木炭，会立即产生二氧化硫气体，并充满箱体，用此二氧化硫气体杀死蜡螟的幼虫和成虫。由于杀不死卵和蛹，过两个星期需再熏l～2次。熏杀过程中，要通过继箱窗口观察木炭燃烧情况，直至熄灭为止，以防火灾。
二硫化碳熏蒸法：二硫化碳常温下可气化，能杀死巢虫的卵、幼虫和成虫。防治一次即可，方便易行。方法是：在蜂箱上叠放5～6层继箱，每层放8～9张巢脾，最上层放6张巢脾，中间空出部分放一容器或吸水性强的厚纸盛放液体二硫化碳，用量为每个箱体3毫升。利用二硫化碳自然挥发，密度比空气大而自然下沉的特点，从上往下熏杀。注意箱体间缝隙要用纸糊严。二硫化碳对人体有毒、易燃，放药时，人要站在上风口并戴口罩，不要靠近火源。
冰醋酸熏蒸法：用80%～98%的冰醋酸，每箱10～20毫升洒在布条上，密闭熏蒸3～5天，可有效杀死蜡螟的幼虫和卵，但不能杀死蛹和成蛾，熏蒸前应清除蜂箱内蜡螟的蛹和成蛾。